大学教授大岛健藏在东京都内的巷子里被不明身份的人刺杀，警视厅搜查一课十津川警官和龟井刑警赶到现场。大岛是著名的“线粒体学”专家，但与十津川素不相识。十津川开始调查，并在附近的监控录像中发现了可疑男子的身影。为了寻找线索，十津川询问了早濑由美和中园宏司，得知了令人震惊的事实。
由美、中园和赤池都是北海道新十津川町出身，三人发誓永远的友情。然而，由美和中园以大学升学为契机来到东京。据说只有赤池留在当地继承了农业。赤池认真进行品种改良，因此详细向大岛由美介绍了农作物教授的研究成果。大岛教授在临终前留下了疑问：“十津川”是指赤池吗？
为了追踪逃往故乡的赤池，十津川和龟井前往新十津川町。然而，赤池竟然拿着猎枪闯入街道事务所，把资产家浦野典史等人作为人质关在那里。这时由美想阻止好友暴走，十津川为了保护她，把枪口对准了赤池。赤池对对峙的十津川说：“撤销札沼线的废止！”赤池的真正用意是什么？紧接着，在遥远的东京又发生了一起悲剧……
