忠志（神木隆之介饰）在父母离异后，与母亲一同搬到乡下生活。某日，他在参拜神社时意外被选中为“麒麟送子”。当地流传着一个传说，被选为麒麟送子的孩子可以在大天狗山顶取得传说中的飞剑——大天狗守护的宝剑，这把宝剑据说是用来维护和平的。然而，他的伙伴们嘲笑他不敢去取剑。 在尝试了一次后，忠志被吓了回来。这时，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活了。他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。 为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战。妖怪大战争正式展开！