在这部电影中，孩子们眼中的世界被奇妙地展开。小玛丽（凯特·马伯里 Kate Maberly 饰）的父母双亡后，她来到了苏格兰的亲戚家。这个庄园美丽而神秘，尤其是那片秘密花园，更是玛丽心中的一个大谜团。原来，玛丽的姨母曾经在自己这个花园的千秋上丧命，姨父便从此紧锁了花园大门。 无意中发现了钥匙的玛丽打开了花园的大门。从此，花园成为了玛丽与大自然水乳交融的圣地。玛丽还带上了长期坐在轮椅上的表弟科林（海登·普劳斯 Heydon Prowse 饰），他本来封闭的视野在神奇的大自然面前变得豁然开朗。而朋友迪康（安德鲁诺特 Andrew Knott 饰）更是在这里和他的鸟儿朋友们聊天，秘密花园的大门就这样通向了孩子们心中的天堂……