在幕府中，有一名名叫佐佐木鐵之助的少年，他原本是佐佐木家的孩子，但由于种种原因，他被送往了真選組。然而，他在真選組并不受欢迎，甚至被其他成员视为问题儿童。
有一天，土方十四郎发现了这个名叫铁之助的少年。尽管他对铁之助的态度轻浮感到烦躁，但他还是尽力照顾他。
一天，土方十四郎遇到了见迴组的局长——佐佐木异三郎。异三郎是铁之助的哥哥，但却轻视他，称他为“不成材”或“二房之子”。这让土方非常愤怒，他直接挑衅异三郎。
因为铁之助的存在，让他感到自己曾经无药可救。他决定帮助铁之助变得更强，以便能够对抗那些威胁到真选组的人。
然而，铁之助在完成任务的过程中被激荡攘夷集团绑架了。他们的目标是抓住与警察有关系的铁之助，作为人质，一举击垮真选组和见回组。
然而，见回组并没有理会人质，反而击溃了激荡攘夷集团，甚至试图将责任推给真选组。
知道铁之助是为了将激荡攘夷集团一网打尽，利用自己的弟弟作为工具，让土方感到无比愤怒。
真选组和见回组即将爆发全面战争……
《银魂 荆棘流氓篇》的看点在于土方十四郎与佐佐木铁之助的互动。土方表面暴躁，却对铁之助倾注了耐心与关怀，仿佛看到过去无药可救的自己。铁之助从轻浮问题少年逐渐成长…
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