公元2029年，世界进入了高科技与信息化的新时代。随着科技的发展，犯罪形式也日趋高科技化，因此，成立了专门打击高科技犯罪的特殊部队——公安9课。队长草薙素子是一位全身“义体化”的女警，带领着公安9课不断展开行动。 在一次行动中，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入了传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。