在都市的某个角落，连续发生了数起女性被杀事件。经过警方的深入调查，发现这些案件与一种异形怪物有关。主角风祭真因频繁做着相关梦境而倍感困扰。 风祭真的父亲是一位遗传学研究所的科学家。然而，真却自愿成为了研制不治之病的实验品，被疯狂的科学家鬼塚实行了现阶段最危险的生化实验——Lv3的遗传因子操作实验，从而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真作为幕后BOSS“财团”的军事武器。 真最后逃出了“财团”的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士豪岛展开了生死战！