在2259年，约翰·谢里登船长接替辛克莱成为星际舰队的驻站军事总督。他和他的指挥团队得知，总统桑蒂亚哥的死亡实际上是由副总统克拉克策划的一场暗杀，克拉克在桑蒂亚哥死后接管了总统职位。 随着Babylon 5的指挥团队和日益专横的组织Psi Corps之间发生了冲突。Psi Corps是一个监管和控制人类心灵感应者的组织的，而第二指挥官伊瓦诺娃是秘密的灵能者，她非法地避开了Psi Corps的注册。 暗影种族，一个古老且极其强大的种族，最近从冬眠中苏醒，他们揭露出是一系列神秘和令人不安事件的原因，包括2258年底对纳恩前哨站的攻击。长者、衰弱的天体人皇帝，长期以来一直是与纳恩和解倡导者，在他访问Babylon 5期间突然去世。包括洛德莫拉利大使在内的一些阴谋家通过与神秘的莫尔登先生的联系，无意中得到了他们的帮助，参与了与纳恩的持续冲突。这位年迈多病的天体人皇帝，长期以来一直主张与纳恩和解，在访问Babylon 5时突然去世。他们的第一项行动是对纳恩发动了公开的侵略。一场全面战争爆发后，天体人最终征服了纳恩，这是一次涉及大规模车辆和被禁止的武器的毁灭性攻击。到年底，克拉克政府开始显示出越来越极权化的特点，镇压异见并限制言论自由。 Vorlons被揭示为各种世界（包括地球）关于天使的传说的基础，它们是古代敌人，也是暗影的基石。他们在对抗暗影的斗争中，利用谢里登和Babylon 5指挥团队的帮助。