成为合格神奇宝贝训练师的故事，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）继续他们的修业之旅。他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝比赛，并在此遇到了传说中的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡。然而，两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，导致国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，决定重建失落已久的故土……