在一次御前会议中，日本国家的未来被一个名为“SIMPLE PLAN”的计划所掌控。这个计划的目标是猎杀SPEC持有者。神秘的法蒂玛第三预言也被提及，暗示着即将到来的黑暗未来。
数天后，政府成员在执行猎杀计划时突然全员木乃伊化死亡。案件交由当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责调查。在调查过程中，两人接到了志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话。当麻将美玲带回未详系后，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介饰）竟然从容现身于她们面前。
当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物若隐若现。在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。黑暗降临的未来是否终将无法避免？
