在一次御前会议中,日本国家的未来被一个名为“SIMPLE PLAN”的计划所掌控。这个计划的目标是猎杀SPEC持有者。神秘的法蒂玛第三预言也被提及,暗示着即将到来的黑暗未来。
数天后,政府成员在执行猎杀计划时突然全员木乃伊化死亡。案件交由当麻纱绫(户田惠梨香饰)和濑文焚流(加濑亮饰)负责调查。在调查过程中,两人接到了志村美玲(福田沙纪饰)的求救电话。当麻将美玲带回未详系后,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介饰)竟然从容现身于她们面前。
当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物若隐若现。在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。黑暗降临的未来是否终将无法避免?