在死刑执行的前夕，卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）突然醒来，发现自己被索菲娅选中，参与一个旨在消除暴力冲动的计划。这个计划的核心是通过虚拟现实机器Animus体验祖先的记忆，从而找到控制人类自由意志的伊甸园苹果。
卡勒姆·林奇意识到自己是生活在西班牙宗教法庭时期的刺客阿圭拉的后裔，而他们寻找的目标就是这种能够控制自由意志的神秘苹果。然而，索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）出于父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）施加的压力，不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落。
在这个过程中，卡勒姆·林奇面临着身体和心理的双重压力。他开始质疑自己的行为和动机，同时对人类自由意志的命运感到困惑。就在这时，杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）向他暗示了艾伦可能的动机不纯，这让卡勒姆·林奇重新考虑了自己的行动。
随着调查的深入，卡勒姆·林奇逐渐揭开了艾伦的真实身份——一个试图利用伊甸园苹果来控制世界的自由意志实验者。他的发现不仅让他意识到了自己家族的使命，也让他开始思考如何阻止这场悲剧的发生。
最终，卡勒姆·林奇在一场紧张刺激的对决中成功阻止了艾伦的计划，并找到了拯救人类自由意志的方法。他的故事成为了一个传奇，激励着后来的人们为了正义和和平而奋斗。
