在东京西部，一个名为“学园都市”的巨大城市矗立着。这座城市人口达到230万，其中约80%是学生。在这个特殊的都市中，有一门课程专门教授超能力开发。学生们的能力从无能力Level 0到超能力Level 5共分为六阶段评价。
高中生上条当麻也是这个都市的居民之一。他拥有一种特殊能力——只要接触到异能之力，连神明的庇护也会被消除。因此，他被评定为“无能力”，过着充满不幸的生活。
然而，暑假开始时，一场突如其来的纯白修女事件彻底改变了他的日常生活。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇后，上条就被卷入了各种事件中。他逐渐被卷入科学与魔法两大势力的纷争之中，同时也结识了许多与他命运相连的英雄们。
随着事态的发展，科学方和魔法方的学园都市也采取了相应的行动。他们不断有人挺身而出，与世界对抗。这些英雄们的出现让上条的命运发生了巨大的转变。
最终，科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！
