幕府时代的末期,国家正面临着外忧内患,山河动荡,百姓生活困苦,生命时刻受到威胁。在这样的大背景下,一个少年的心因其善良纯洁之心感动了飞天御剑流高手比古清十郎,被其收入门下学习剑法,更名剑心。
在国家危难之际,年轻的剑心怀揣着改变时代的梦想下山,加入了奇兵队,日后更是被桂小五郎纳入麾下,以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。然而,年轻的剑心并未因此沾沾自喜,反而更加刻苦地修炼剑术,希望能够为国家和人民做出更大的贡献。
年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员,令对手闻风丧胆。然而,他并未因此而骄傲自满,反而更加谦虚谨慎,不断地提升自己的实力。直到某一天,一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心。正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活,随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘,但在大时代的背景之下,两个人的渺小幸福一触即碎………