在西元2199年，太阳系外的敌人加米拉斯帝国为了挽救其母星的危亡，开始侵略其他星球。地球防卫军与加米拉斯帝国的交战中遭遇惨败，同时，加米拉斯帝国向地球发射了大量含有放射能的游星炸弹，使得地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。
在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。然而，在旅途中，他们遇到了来自其他星系的海盗，这些海盗试图夺取大和号上的“宇宙清洗器D”，双方展开了激烈的战斗。经过一番激战，地球防卫军成功击败了海盗，保护了“宇宙清洗器D”。
最终，大和号成功抵达了地球，并将其带回了地球防卫军总部。在地球上，大和号被重新命名为“地球防卫舰”，成为了地球防卫军的一员。这次任务的成功不仅拯救了地球，也为地球防卫军带来了新的希望和力量。
