故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰。为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策。
在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
在美塔领域与异生兽的战斗中，孤门一辉发现了自己与奥特曼之间的某种联系。他逐渐了解到，自己并非人类，而是来自遥远星球的适能者，而他的同伴姬矢准则是奥特曼的宿敌。为了寻找真相，孤门一辉决定加入战斗，与奥特曼并肩作战，共同对抗邪恶势力。
在战斗中，孤门一辉展现出了惊人的勇气和智慧，他不仅协助奥特曼击败了异生兽，还逐渐揭开了姬矢准的秘密。原来，姬矢准曾是奥特曼的敌人，但由于某种原因，他们成为了朋友。随着战斗的深入，孤门一辉逐渐理解到，真正的敌人并不是异生兽，而是那些试图利用异生兽来达到自己目的的阴谋家。
在最终决战中，孤门一辉与奥特曼联手，成功阻止了邪恶势力的计划。他们不仅保护了人类免受异生兽的威胁，还揭露了背后更大的阴谋。通过这次经历，孤门一辉找到了自己的使命，他将致力于保卫地球的安全，成为新一代的奥特曼守护者。
