在原作的特别篇中，L和怀米斯小屋的孩子们的对话被重新描绘。从月通过高田向基拉代理中的魅上可命令的状态开始，海砂就没有笔记本的记忆。TV演出的基拉反对派，魅上照全部肃清的场面被追加。第三本的笔记小故事全部被省略，随之发生了以下的变更点。只有在影片开头(包括尼娅的回忆场面)和夺回照片、绑架高田时才有出现。黑手党和死神都不登场。SPK成员的大量杀戮从梅洛和黑手党变成了基拉(月从美国总统那里敲诈成员名单，高田将其传达给魅上并让他写在笔记本上)。夜神总一郎已被排除在搜查之外，虽然他还活着，但他不会登场。伊尔-拉特的名字和肖恩-丹利比的本名的设定复活。(本人和TV系列一样，只是SPK的成员)。梅洛将自己调查的基拉信息经由丽德纳提供给了尼亚，尼亚在梅洛取回照片之前确信笔记本上的规则是假的。(梅洛脸上的烧伤是存在的)。尼亚与夜神月的首次接触是在与高田幽会之后的手机通话。同时，此时也在呼吁其他搜查人员。高田知道X基拉的真正身份是魅上。马特在原作及TV系列中被绑架到高田时被杀害，但在SP版中却只字不提。随着原作及TV系列中高田知道梅洛本名的情节被删除，追加了高田拥有死神之眼的设定。除去月的日本搜查本部的成员，和包含尼亚的SPK的成员认知琉克的描写被删除，故事在一次都没有见面的情况下进行。最后追加了相泽和松田发现月之遗体的场面，魅上和月之遗体分别放映的片段。
