在长安城，一艘神秘的“鬼船”引起了轰动。上司为了明哲保身，决定草率地以“水匪之乱”结案，但狄仁杰却感到事情并不简单。大典即将举行，长安城人心惶惶，皇后命令大理寺座沈铭三天内必须结案。面对压力，沈铭将破案任务交给了狄仁杰。
都水监长官冷霁月也加入了调查，在“鬼船”上遇到了旧相识段言。三人前往长安情报中心“下城”，获得了重要情报。他们深入探索，终于发现了隐藏在长安地下的两个大势力的秘密所在——云窟。
进入古陵云窟后，他们接连破解机关陷阱，陷入了绝境。然而，狄仁杰凭借对土层的敏感，成功找到了出路，突破了阳墓的封锁，最终找到了怀王与大月之遗族饲养龙鳌的阴墓。
真相逐渐浮出水面，原来这一切都是一个巨大的阴谋。幕后黑手利用水匪之乱作为幌子，实则是为了窃取龙鳌的神秘力量。而狄仁杰等人的勇敢和智慧，让他们成功地揭露了真相，阻止了一场灾难的发生。
