在宇宙世纪终结后，人们迎来了新的历史Regild Century（R.C.），并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower（首都塔）为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。
