在纽约市的下水道里，四只小海龟和一只小老鼠意外地接触到了一种含有放射性物质的凝胶。这种凝胶具有强大的变异能力，使得它们在短时间内发生了巨大的变化，变成了巨大的人化生物。这些生物不仅拥有了人类的外表，还保留了海龟的部分特征，如坚硬的壳和敏捷的四肢。
为了对抗这个神秘组织，忍者神龟们决定团结起来，共同应对这个威胁。他们迅速组成了一个强大的队伍，包括暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰）、幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰）、个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰）。
这些生物在城市中展开了一系列的冒险，他们凭借高超的功夫和智慧，成功地击败了各种敌人，保护了城市的安宁。然而，他们的行为也引起了城市里的一个神秘组织的注意。
这个神秘组织是一个由一群邪恶的科学家组成的团体，他们一直在研究一种能够让人变形的药剂。当忍者神龟们与他们发生冲突时，神秘组织展开了一场突袭。由于力量悬殊，忍者神龟们陷入了苦战。在一次激烈的战斗中，忍者神龟们不幸受伤，其中一只甚至被神秘组织抓走了。
面对困境，忍者神龟们并没有放弃。他们继续寻找机会，希望能找到方法救出自己的老师，并揭露神秘组织的阴谋。在这个过程中，他们结识了许多新的朋友，也遭遇了更多的挑战。
最终，忍者神龟们凭借着坚定的信念和不屈的精神，成功战胜了神秘组织，救出了被抓走的同伴。同时，他们也揭露了神秘组织的真面目，让整个城市为之震惊。
