在第二部中,包拯(由陆毅饰演)已不再是初出茅庐的青涩少年,而是一个成熟稳重、肩负重任的县城父母官。他致力于为民请命,解决各种棘手的问题。然而,这一天,他突然接到皇帝的紧急召回令,前往京城处理一起涉及多名官员因贪污受贿而接连死亡的案件。
在赶往京城的路上,包拯遇到了几位重要的人物:王朝马汉、张龙赵虎,他们都是日后鼎鼎有名的包公身边的护卫。此外,公孙策(由任泉饰演)也已经对包拯的智慧和才华佩服得五体投地,愿意辅佐他办案。
在旅途中,包拯还遇到了一位名叫小蜻蜓的姑娘,她是一位惯偷,但性格活泼捣蛋,一直隐藏着自己的身份。直到案件涉及到大画家冯止水,大家才意识到小蜻蜓身世的悲惨。原来,她的义父视她如己出,为她亲手绘制了一幅《牡丹亭上的少女》画作,画中隐藏着一个秘密。后来,义父神秘失踪,多年来,小蜻蜓一直在寻找他的下落,希望能找到这个秘密。这次,她唯一寄予希望的就是包拯能查出事情的真相。