在一片被探索殆尽的世界中,一个被称为“深渊”的巨大垂直洞穴成为了最后的秘境。这个深不见底、神秘莫测的洞穴里,栖息着形形色色的奇特生物,还沉睡着一些人类无法制造出的珍贵遗物。
深渊的神秘吸引了无数冒险者前来挑战,他们称那些多次进入深渊的探险者为“探窟家”。其中,孤儿莉可梦想着成为像她母亲莱萨一样伟大的探窟家,一解深渊之谜。
某天,莉可的母亲莱萨的白笛被发现了。这给了莉可一个机会,她决定潜入深渊深处寻找自己的母亲。她捡到了一个失忆的机器人雷格,并决定与他一起冒险。
在深渊的第四层,莉可在穿珠的毒中受到了折磨。这时,惨剧终末娜娜奇出现并救了她。三人继续前往第五层,遇到了一个自称普鲁修卡的女孩。由彭多尔多抚养长大的她对外界一无所知。普鲁修卡深深着迷于莉可的冒险故事,并希望能与她一起冒险,但最终却被彭多尔多利用来做实验。
然而,普鲁修卡并没有放弃,她改变了自己的形象,变成了莉可的白笛,并与莉可一同朝第六层前进。在那里,他们遇到了一个名为“惨剧终末”的村子,那是一群拥有自己一套价值观的惨剧终末们所生活的地方。