在未来的2100年，人类已经建立了一个比较完善的社会系统。在这个基础上，人们开始向外宇宙进发的计划。然而，在扩张欲望无限膨胀的时候，一种被称为RYNAX的物质出现了。这种物质希望拥有更广阔的空间，一旦溢出，它不会把整个空间填满就会停止侵袭，而且还会将所有遇到的物质转化为原子。如果RYNAX溢出人类世界，后果将不堪设想。
天箕博士是一位量子物理学家，他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时，突然有两束光芒从试验装置中射出，并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ（12岁）。女孩的身体被当场分解，而后又在光芒中重新恢复成人形。博士赶忙停止试验确认女儿的安危，但眼前的クラウ却说出了“我名叫RYNAX”。
故事会从试验事故10年后开始，博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者。然而，在22岁那天，クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为“对”的女孩，还保持着クラウ12岁的形态。更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣，想方设法劫持她。
故事设定本身涉及了很多微观世界的理论，估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题。
