在这次露营结束后,柯南、灰原、步美、光彦和元太随博士一同前往西多摩市参观新建的日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎也应邀参加了开幕典礼,他的学生常盘美绪也在邀请之列。
美绪向众人介绍了画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,《引爆摩天楼》中曾对新一发起挑战)以及天才程序员原。期间,灰原的举动异常。
大木提前入住B塔并被发现遇害,目暮警官调查发现他与美绪之间有不寻常的关系。不久,原也被杀害于家中。现场留下了与日本画画师作画时使用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件看似同一人所为。柯南从小酒杯联想到灰原曾效力的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。
同时,柯南找到了灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。
开幕酒会上,美绪展示她的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔缩影图。她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。
逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的是如何从火海中逃脱。