在一个平凡的一天,柯南因为感冒在家休息。然而,他接到了一个电话,是灰原哀打来的。原来,灰原已经制造出了APTX-4869的最新解药,尽管这只是一个试制品,但一心想要恢复工藤新一身份的柯南还是迫不及待地赶往了阿笠博士的实验室。
服药后,新一终于回到了原来的状态,但他发现周围的一切似乎都变了。博士院子里的树长得更高了,出现了许多新的建筑物,体育老师变得苍老,班里的同学全是陌生的面孔,甚至连元太、光彦和步美也都变成了高中生的模样。
在这时,柯南找到了同样也变成高中生的灰原哀,得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性,最近5年已无法变回原有状态。失落的柯南无奈地看着周遭的转变,更让他倍受打击的是,小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给了新出老师。他们的恋情亦梦以幻,何以为终……