在2261年,Vorlons加入暗影战争,但他们的战术成为联盟担忧的问题,因为Vorlons开始摧毁他们认为被“影响”的整个行星。由于这一事件,Babylon 5招募了其他一些强大而古老的种族(第一一族),与他们为敌,对抗暗影和Vorlons。约翰·谢里登队长在逃离Z'ha'dum后返回基地,但代价是:除健康或受伤外,他只剩下20年的寿命。他由一个神秘的外星人利文陪伴,声称自己是银河系中最古老的有意识存在。
几小时前,加里巴迪被救出并返回基地,条件相当可疑。他对其他外星种族和谢里登上校都表现出更多的偏执和猜疑。
天体帝皇卡塔吉娅与暗影结盟。隆多·莫拉利设计暗杀了卡塔吉娅,并拒绝与暗影达成协议。隆多杀死了摩根先生,并在基于卡塔吉娅家园的世界摧毁了暗影舰队,试图拯救他的星球免受Vorlons的毁灭性攻击。在古代种族的帮助下,以及许多年轻的种族,谢里登诱使Vorlons和暗影陷入了一场巨大的战斗,战斗中Vorlons和暗影透露,他们作为年轻种族的守护者,但由于哲学差异,最终将他们用作永恒的战争的工具。年轻种族拒绝接受他们的持续干涉,Vorlons和暗影以及剩下的第一一族同意永远离开银河系。
在暗影被击败后,加里巴迪离开了他的安全主管职位,转而作为一名“信息提供者”工作。他开始为一位名叫威廉·埃德加斯的火星大亨工作,这位大亨娶了加里巴迪的前女友。随着他越来越接近埃德加斯,他对谢里登的态度变得更加激进,最终离开Babylon 5。
米娜受到了战士和宗教派别之间短暂内战的困扰。德伦秘密会见了战士派别的领袖内罗恩,并说服他双方都无法获胜。她告诉内罗恩,她愿意进行一个仪式,自愿牺牲自己,但在她实际上死亡之前停止仪式。当内罗恩看到她确实打算完成整个仪式时,他救了她并代替她牺牲了自己,宣称虽然他出生为战士,但他的心中是宗教的。
作为地球和Babylon 5持续冲突的一部分,加里巴迪最终背叛了谢里登,安排了他的捕获以获得埃德加斯的信任并了解他的计划。后来发现,加里巴迪实际上是在第三季结束时被Psi-Corps绑架并由贝斯特重新编程的,以便在适当的时间提供信息。贝斯特释放了加里巴迪的编程,并允许他回忆起自被绑架以来所做的一切。埃德加斯被杀,他的妻子失踪,但战争结束后与加里巴迪重聚。加里巴迪帮助释放谢里登,将他带回解放地球的行动中。通过Babylon 5领导的联盟解放了地球,结束了由总统克拉克实施的极权统治,这场短小但血腥的战争最终导致了克拉克的自杀和民主政府的恢复。火星获得了完全独立,谢里登同意辞去他的职务。联盟非敌对世界被解散并重组为星际联盟,谢里登当选为首任主席,继续指挥Rangers,他们将作为银河系的联合国维和部队。
在赛季终章中,展示了100, 500, 1000和一百万年后的事件,描绘了Babylon 5对历史持久影响的记录。其中包括2261年政治动荡的后果、随后发生的核战争,涉及一个新的独裁政府在2762年对地球的影响、地球陷入前工业化社会的结果、人类对空间旅行知识的丧失以及最终人类进化成能量生物,类似于Vorlons,此后地球的太阳变成超新星。