在清朝咸丰末年（1860年），由于长期的闭关锁国政策，大清国已逐渐走向衰败。西方列强利用先进的船炮技术，不断入侵中国。在这个动荡的时代，一段复杂的恩怨情仇、保家卫国的壮烈故事就此展开。台湾艋忠义堂武馆，是当地颇有威望的武术传承之地。大弟子魏永来因心胸狭隘和热衷名利，背叛师门投效清廷，并誓言要报仇。某日，他率朝廷大军攻打忠义堂，老馆主为救徒弟而被杀，忠义堂被灭。万里赶回时，发现师父已死，师门被灭，师弟们下落不明。他流浪全台寻找真相，但始终音讯渺茫，心灰意冷之下隐姓埋名，成为富商徐老爷家的护院。徐老爷的女儿惠娘与万里相爱，生下儿子黄飞虎。然而，徐老爷得知真相后将惠娘杀死，并狠心将孙子放走。万里重伤未死，被林阿雪所救，娶她为妻，重开忠义堂武馆。
25年后，清光绪十年（1885年），台湾面临法兰西国的侵略，形势紧张。万里经营得当，成为北台湾著名的武馆。他与阿雪之子黄飞虎，风流倜傥、武艺高强，成为地方上的少年英雄。万里的连襟林逢春，当初入赘林家娶了阿雪之姐，继承林家产业。林逢春的长女玉红在日本留学，儿子林玉树在忠义堂学艺。玉红从日本学成归来，她的轿子经过菜市场时，发现一人口贩子命奴隶阿牛以口拖牛车取悦观众。玉红见阿牛浑身鞭伤，心生怜悯，买下他带回家。逢春久不见女儿，见她带回一个乞丐回家，不满欲赶阿牛出门。玉红央求万里收留阿牛，在武馆打杂。阿雪早有意撮合飞虎与玉红表兄妹两人，不料阿牛出现后，玉红对他百般关心，却对飞虎不假辞色。心高气傲的飞虎心怀愤懑，发现阿牛私下偷学武功，决定动用家法将其赶出武馆。阿牛向万里表达身世凄凉，乞求收留为徒。万里有心成全但于理不合，正无奈间，飞虎故意出难题，令阿牛抱起大院中火烫的鼎炉，否则不收其入门。阿牛一言不发，天生神力的他一把将鼎炉举起，厅内众人欢声雷动！只见火烫的鼎炉竟在他双臂至胸前烙下两条飞龙在天的纹身！万里正惊喜之间，猛然发现阿牛胸膛上竟有一块殷红的胎记，原来阿牛正是他与惠娘所生，失散多年、生死不明的亲生子！
一波未平、一波又起，阿牛的身世真相会被揭开吗？他和飞虎两兄弟与玉红间的三角恋情会有什么感人肺腑的发展呢？当年的永来重现江湖了，想不到他竟然已是手握重兵的台湾府总兵大人，而惠娘更竟然成了总兵夫人！这其中到底有什么扑朔迷离的恩怨呢？忠义堂当年死伤失散弟子的后人陆续出现了，何明秀、谢友煌、杜直、李天九、张宝这些英雄好汉之间会有什么可歌可泣的故事？他们身上的香包又到底隐藏什么秘密？黄万里与魏永来的恩怨该如何了结？法兰西人终于侵略台湾了，谁能够力挽狂澜，救百姓于水火之中......
