根据内容重新修改生成第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）在与“母体”的斗争中未能从内部将其摧毁，而是被困在真实世界的飞船上，意识却停留在两者之间的地带，由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人得知了尼奥的情况。在守护天使的带领下，他们找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激战，成功救出了尼奥。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势十分危急。尼奥和崔妮蒂驾驶一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”。双方进行了谈判，并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关乎人类生死存亡的最后决斗。
