在这个被赋予超能力“个性”的世界里，一个看似普通的少年绿谷出久，却拥有着隐藏的英雄资质。他与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现并继承了“个性”One For All。绿谷进入了雄英高中这个英雄辈出的名门学校，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，与同学们一起度过了充满考验的每一天。
在打倒了宿敌All For One后，欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。绿谷继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，他遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生通形未吏生。其压倒性的实力，让绿谷更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。
另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。
绿谷与英雄候补生们即将与新的“威胁”进行战斗，新的“使命”挑战也开始了！！
