在三国时期，战火纷飞。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病，过着自由洒脱的日子。他的医术高明，被人们称为“神医”。 有一天，太守的女儿明心突然病倒了。华佗得知后，立即赶到了现场。他仔细观察了明心的病情，然后开始用他的医术进行治疗。经过一段时间的治疗，明心终于康复了。 这件事让华佗名声大噪，他也因此与明心结下了不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛，华佗开始游历寻药。 在都城，华佗与英雄关羽、奸雄曹操和师兄吴思德屡有交集。他们见识到了官场的险恶和世态炎凉。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。 在东吴山中，绝望的华佗受隐者指点，幡然醒悟。他立志成为医人医心医国的苍生大医，用自己的医术拯救苍生。 赤壁之战时，华佗刮骨疗毒，展现了他的医术高超。他还经历了秘境历险，从不曾改变拯救苍生的赤子之心。 麻沸散的研制成功，也让华佗和明心的爱情修成正果。然而，就在幸福来临时，曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗。这位行医济世、妙手回春的苍生大医最终在囚牢中结束了自己的生命。