在这个故事中，萨姆（希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）与女友米凯拉（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）告别后，开始了大学生活。然而，他的生活似乎并不顺利，一块魔方碎片给了他一种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始追击萨姆，擎天柱为了保护萨姆而牺牲。 萨姆决定重新担负起自己的使命，与室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 John Turturro 饰）一起，根据魔方碎片的提示来到了埃及。他们发现了能量源，但此时霸天虎的军队也赶到了埃及。军方有一小队人马带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。