在故事中，超迷你战士与超超迷你战士联手，运用加减乘除的力量将烦恼星人变回烦恼蛋。然而，新的烦恼星人“恶果大王”登场，他企图利用女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变身。与此同时，疯癫的旋女贝比也来捣乱，给超麻烦战士带来了更大的麻烦。正能量的女娃博士带领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力击败烦恼和麻烦，拯救人类。