学园都市，东京都西部的三分之一，人口超过230万，其中八成以上是学生。这里是一个科技飞速发展、超能力无处不在的地方。御坂美琴（佐藤利奈配音）是这个城市中一个平凡女孩，她和初春饰利（丰崎爱生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友过着平静的生活。然而，随着剧情的发展，她们卷入了一场关于“量产型能力者计划”的阴谋。 某天，在调查一起现今卡事件时，御坂美琴邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美配音）。原来，用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”正悄然进行。这个计划不仅威胁到了城市的稳定，也引发了不安定的气氛在都市角落肆意蔓延…… 本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。