高云龙（阮颂扬饰）是一位特工，他受命进入明朝，在寻找好友曹小妹（陈嘉桓饰）的过程中，他开始追查时空扰乱的组织阴谋。在这个过程中，他卷入了东林书院和东厂的纷争。 东林书院的成员接连遭到谋杀，而凶手却始终没有找到线索。叶敬卿（宋庭隽饰），是东林书院的大哥，他向朝廷禀明情况，让皇上下令彻查谁在蛊惑人心，并直指东厂。 经过一系列的调查和追查，高云龙最终揭开了真相，原来这一切都是那个时空扰乱组织所为。他们利用了东林书院和东厂的力量，制造了一连串的谋杀案，以此来达到他们的目的。 在揭露了真相之后，高云龙继续留在明朝，继续他的事业。虽然他已经离开了原来的世界，但他仍然保持着对正义的追求，继续为维护和平而努力。