地球并非人类的专属，实际上有1500名外星生物与我们共存。星际移民局负责处理与外星人相关的事情。纽约的一名普通警察爱德华兹（威尔·史密斯饰）因缘巧合加入了这个组织，成为了MIB的成员，代号J。从此，他失去了名字和身份，成为了特警K（汤姆·李·琼斯饰）的搭档。 J面临的第一起事件是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最佳来源也失踪了。如果虫族找到了“银河系”，将给亚基伦人带来毁灭性的打击。亚基伦人发出最后通牒，要求地球人在一小时内交出“银河系”。为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。