在数百万年前，一个高度发达的先进种族Ancient离开了地球，前往了飞马座星系。他们的前哨站位于南极，那里留下了一些Ancient科技的遗迹。Jack O'Neill将军使用一种Ancient武器成功消灭了前来攻击的Goa'uld人舰队，各国因此建立了南极联盟，共同研究这些科技、促进国际合作与和平。 在深入研究过程中，他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 然而，地球人的到来唤醒了统治飞马座星系的怪物——Wraith。他们技术先进、体格健壮，性情粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前，他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Wraith是Ancient试验的产物！ 为了对抗强大的Wraith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Wraith的方法。经历了一次次险象环生的旅程。 《星际之门：亚特兰蒂斯》（英文Stargate Atlantis，简称SGA）是作为Stargate SG-1的一个衍生剧集开始的。SG-1本准备继续它的第7季和第二个故事片，但是当SG-1的第8季时，预定的电影变成了2集的季末终结篇"Lost City"，Stargate Atlantis的设定也被移到了飞马星系。这样就可以让这两个节目在同一个虚构宇宙中并存，之后这两个节目甚至开始互相连接，基本上实现了观众想同时看两个节目的愿望。这个节目是由大多数的SG-1原班人马在同一个摄影棚里制作的。 Atlantis于2004年7月16日在（美国）Sci-Fi频道初次上演，由en:Joe Flanigan和en:Torri Higginson主演，Rainbow Sun Francks、en:David Hewlett和en:Rachel Luttrell为配角。Hewlett与Higginson先前在SG-1中有角色。在Atlantis的第二季中，en:Paul McGillion和en:Jason Momoa（代替Francks）加入了常规演员的行列。该剧集已在第五季完结。