在东京西部，一个名为“学园都市”的巨大城市矗立着。这座城市拥有230万居民，其中约80%是学生。在这个人口众多的都市中，实施着一项特殊的课程——超能力开发。学生们的能力被赋予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市里，有一位被称为“一方通行”的最强能力者。他在仅有7人的“超能力者”群体中以远超其他人的能力位居第一，也因此过着充满杀伐的日常。他不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的过程中品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!