在清朝末年，广州街头出现了一股反对满清的势力。他们打着“扶清灭洋”的口号，在广州街头大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过。黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）等人物都对此表示了强烈的不满。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故。他发现革命党人对救国更具远见时，决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因愤慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。