19年后，印第安纳·琼斯博士（Harrison Ford饰）再次踏上征程，他的目标是将失落的水晶骷髅头骨归还至埃克托王国。传说中，谁能成功归还这圣物，就能获得强大的力量。 在琼斯的老友奥克斯之前发现水晶头骨时，这一切还只是传说。然而，奥克斯之后却失去了理智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）对所谓的神秘力量着迷不已，她试图胁迫琼斯一行人与其一同前往亚马逊流域，寻找传说中的黄金城埃克托王国。 在秘鲁的密林中，琼斯等人与苏军展开了激烈的战斗。他们不仅要面对沼泽、食人蚁等致命威胁，还要应对土著的攻击。经过千辛万苦，他们终于踏入了密室，眼前出现了世界上最奇异的景象……