在一个名为“忍者”的世界中，现代忍者的雇主是政治家、大企业的干部们。他们拥有强大的权力，有些人将忍者当作满足自己欲望的道具。为了对抗这些黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划——"善忍"。这个计划就是培养属于国家的忍者的秘密计划。 为了培养"善忍"，成立了一个机构，即内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所，通称“忍学科”。这是一个在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中进行的隐秘项目。 在这个学校里，有五位少女正在与邪恶战斗。她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生和云雀。她们都是性格各异的女性忍者，她们正在为成为真正的忍者而努力。