在公元2202年，宇宙战舰大和号从前往伊斯坎达尔的漫长航海中归来。这次航行长达16万8000光年，历经重重困难。自从那次冒险以来已经过去了3年。 在大和号的回归下，地球被“宇宙恢复系统”取回了先前的蓝色样貌，并恢复了生机。为了保卫家园，地球开始整备新锐战舰安德洛墨达等先进战舰。 同时，地球与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。然而，伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望并未实现，地球开始迈向扩军的道路。 特蕾莎女神祈愿宇宙平稳，大和号再次启航，前往新的航海任务。然而，加特兰蒂斯的威胁正逼近地球，人类面临着前所未有的挑战。