小智，真新镇的少年，立志成为最伟大的神奇宝贝训练师。在一天的训练师旅程中，因为迟到，他未能获得初始的小精灵。这时，大木博士（石冢运昇配音）给了他一只不愿意被放进精灵球且顽皮的皮卡丘。于是，他们三人开始了这段奇妙的旅程。 在旅途中，两人逐渐消除了彼此之间的隔阂，并结识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）和宗次（本乡奏多配音）。他们听闻了关于凤王的传说：“受到虹色之羽引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。” 本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该电影剧情改编自系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》。影片讲述了小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅的故事。