小智、小刚和小霞一行，在经历了一系列的冒险后，来到了水之都奥多马雷。这里流传着一个关于神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯的传说，他们曾经是一对孤儿兄妹。当邪魔出现时，他们化作了威力强大的神奇宝贝，击败了邪魔，并赐予了奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。然而，如今神圣的心灵之滴却引起了一对盗贼姐妹的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯的过程中遭遇了小智，并受到了挫折。贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。