在真新镇，10岁的少年小智（由松本梨香配音）怀揣着成为最强大的神奇宝贝训练师的梦想。他即将开始他的修行之旅，目标是成为一名传奇的神奇宝贝大师。然而，就在启程之际，由于他早上赖床迟到，险些失去了挑选神奇宝贝的机会。无奈之下，他只得领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷育江配音）。 皮卡丘，也被称为电气鼠，虽然外表可爱，但性格内向且害羞，对人不太亲近。一旦不满，就会乱放电攻击人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。 在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界充满了谜题和探险等待着他们。他们需要面对的是光明还是黑暗？小智能否如愿以偿地成为一位伟大的神奇宝贝大师呢？这一切的答案都隐藏在未知的冒险之中。