在繁华的大都会纽约，邪恶领袖施莱德领导的大脚帮横行无忌，给这座城市带来了极大的威胁。为了维护城市的和平，安保公司老板埃里克·萨克斯（由威廉·菲德内尔饰演）推出了一套先进的安保系统。然而，第6频道的女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰演）却意外地拍到了大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面。 在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现这四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源…… 本片改编自同名经典漫画，讲述了一个关于正义与邪恶、科技与魔法、过去与未来的故事。