故事发生在2001年，续集《猫狗大战》的新篇章。和平再次受到威胁，这一次的敌人是原猫咪间谍组织“喵”（MEOWS）的顶级特工Kitty Galore。她窃取了狗狗组织的核心机密，并为了报复狗狗组织和人类，设计了一个恐怖而毒辣的计划意图控制全世界。 面对这个迫在眉睫且前所未有的致命威胁，猫与狗不得不选择结成同盟——这是这两种生物历史上的第一次。在这个由一只猫所制造的浩劫当中，它们需要拯救的不仅仅是自己，还有他们深爱着的人类。为了阻挠邪恶计划的征途，它们必须得将身体里潜藏的一切生物本能发挥到极致才行……