Zach Galifianakis饰演的科学家本，是美国政府秘密部门中的一员。这个部门运用高科技手段训练豚鼠，使其能说会思考，最终成为特工人员。然而，本所在的部门正面临着被FBI关闭的命运。为了证明自己和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责人——达尔文下达了命令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy饰）的办公室，寻找他向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。 达尔文迅速带领布拉斯特（由崔西·摩根配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯等成员展开行动。这群豚鼠特工队员虽然体型娇小，但身手不凡，成功闯入了罗纳德的办公室，并下载到了重要资料。 然而，这场冒险才刚刚开始……