在《新世纪福音战士》电影版第2部中，EVA零号机驾驶员绫波丽在NERV底层中央教条的红色水池边与碇元度约定。此时，她的命运似乎即将结束。 然而，葛城美里不仅要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？ 这些谜团都在《新世纪福音战士》电影版第2部中得到了解答。