在第二次世界大战前夕，一名普通的陆军士兵（由龟梨和也饰演）因为帮助同伴而殴打长官，随后被军事法庭判处死刑。然而，在关键时刻，一个名叫结城（由伊势谷友介饰演）的神秘男子突然出现，他将这名士兵吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关。经过层层考验，这位青年终于得到了他的第一个任务。 不久前，一位犹太科学家遭到暗杀，而他记录着最新式武器设计图的黑色笔记据说落入美国大使埃内斯特·格雷厄姆（由理查德·莫斯饰演）手中。这位青年化名嘉藤次郎，来到了被称为魔都的城市，伺机盗出笔记。与此同时，英、苏、德等国的特工也闻风而动，一场巅峰的间谍大战即将展开…… 本片根据柳广司的同名系列小说改编。