15000年前，地球上的高智能哥斯拉族被两只巨型昆虫怪物摩斯拉和巴特拉摧毁。在一次山崩后，日本伊房岛上发掘出埋藏在地下的摩斯拉巨蛋。随后，三只史上最强大的怪兽——哥斯拉、摩斯拉和巴特拉相遇并展开对决。尽管摩斯拉和巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中，人类的危机并未解除，因为一颗超巨大的陨石即将撞击地球。