尼尔斯是一个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物。他的爸爸和妈妈对他都失去了信心，因为他得罪了小妖精。因得罪了小妖精，尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。 尼尔斯的家常常被迁徙的雁群嘲笑。经过反复练习，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯配音）骑上了它，飞上了天空。他们跟着大雁群去旅行了。在旅途中，尼尔斯神奇地能听懂了动物的语言，他在湖边救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠。一路上，尼尔斯遇到了很多危险也在成长中磨练了自己，并从各种动物身上学习它们的优点，也帮助了很多动物。 然而，随着旅程的深入，尼尔斯也遇到了更多的困难和危险。例如，他们遇到了凶猛的狼群，需要机智地躲过它们的追捕；还有一次，他们误入了一片危险的沼泽地，需要依靠卡骆驼的聪明才智才能安全脱险。这些经历让尼尔斯更加成熟和勇敢，也让他更加珍惜与动物们相处的时光。 最终，尼尔斯实现了他的愿望，变大回到了家中。他成为了一个好孩子，受到了家人和朋友们的认可和欢迎。而那些曾经欺负过尼尔斯的动物们也意识到了自己的错误，纷纷向他道歉并表示愿意改正。