在风之街的“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着一家侦探事务所。看似和平的风都背后，却有一股神秘的力量在地下流通，那就是能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。 造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……